Sağlıklı ve dengeli beslenme için olması gereken düzenden oldukça farklı besin içeriklerine sahip olan ketojenik diyetler sağlık açısından birçok olumsuz etkiye neden olabilir. Bunlar şu şekilde sıralanabilir.

Yukarıda da belirtildiği gibi kanda artan keton cisimcikleri nedeniyle ketozis tablosunun oluşabilme ihtimali mevcuttur.

Açlık tablosunun geliştirildiği ketojenik diyetleri uygulayan kişilerde vücut kendini açlığa adapte edebilmek adına metabolizma hızını yavaşlatma eğilimine girer. Bu da diyet sonunda yavaşlamış bir metabolizma hızı ve buna bağlı olarak diyetin bırakılmasını takiben verilen kiloların tümüyle geri alınması şeklinde sonuçlara neden olabilir.

Çok büyük bir kısmı yağlardan oluşan ketojenik beslenme planlarında lifli besinler yok denilecek kadar azdır. Bu durum kabızlık başta olmak üzere birçok bağırsak problemini beraberinde getirir.

Yüksek yağlı beslenme, yağlardan enerji elde edilmesine bağlı olarak kanda dolaşan serbest yağ asitlerinin miktarının artması ve yetersiz posa alımına bağlı olarak kolesterol ve diğer kan lipitlerinde artış görülür ve bu durum kalp ve damar hastalıkları açısından oldukça büyük risk oluşturur.

Ketojenik diyetler karaciğer üzerinde ağır bir yük oluşturur. Bu nedenle bu diyetler kesinlikle uzun süre devam ettirilmemeli ve karaciğerinde herhangi bir hastalık bulunan kişiler karaciğer yetmezliği gelişmesi gibi risklerden korunmak adına ketojenik diyet uygulamamalıdır. Diyete başlanmadan önce karaciğer enzimlerinin normal sınırlarda olup olmadığı mutlaka kontrol edilmelidir.

Beynin temel enerji kaynağı glikozdur. Bu nedenle ketojenik diyet yapan kişilerde karbonhidrat dışı kaynaklardan dolaylı yoldan glikoz elde ediliyor olmasına bağlı olarak bilişsel fonksiyonlarda yavaşlama ve gerilik gözlenebilir.

Yapılan bazı bilimsel araştırmalarda ketojenik diyetlerin de içerisinde yer aldığı düşük karbonhidratlı beslenme programlarından herhangi birini uygulayan kişilerde kalp ritim bozukluğu gelişme ihtimalinin normal beslenen kişilere oranla daha yüksek olduğu sonucuna varılmıştır.

Bu nedenlerden dolayı ketojenik diyet, yalnızca hekim tarafından uygun görüldüğü, başka seçeneğin bulunmadığı durumlarda sürekli olarak kontrol altında tutulabilecek hastalara uygulanmalıdır.